Пастер всегда заботился о практическом применении результатов своих научных исследований, и поэтому, изучая брожение, он много внимания уделил порче пива и вина, которая, как он показал, вызывается развитием нежелательных микроорганизмов. При описании таких процессов Пастер использовал своеобразный и знаменательный термин, называя их «болезнями» пива и вина.

Действительно, он уже думал о том, что микроорганизмы, возможно, служат возбудителями инфекционных болезней у высших организмов. В то время были известны некоторые факты, подкрепляющие эту мысль.

В 1813 г. было показано, что определенные грибы могут вызывать болезни пшеницы и ржи, а в 1845 г. М. Беркли выяснил, что катастрофическое поражение картофеля в Ирландии — стихийное бедствие, которое сильно повлияло на историю этой страны,— было вызвано грибом.

Тот факт, что грибы могут быть специфически связаны с заболеваниями животных, впервые был установлен в 1836 г. А. Басси, изучавшим грибковые заболевания шелковичного червя в Италии. Несколько лет спустя И. Шёнлейн показал, что некоторые кожные болезни человека также вызываются грибковой инфекцией.

Несмотря на это, лишь очень немногие медики были готовы признать, что важнейшие инфекционные болезни человека могут вызываться микроорганизмами, и еще меньше людей верило, что такие мелкие и, по-видимому, простые организмы, как бактерии, могут быть возбудителями болезней.